延续了原作中精灵收集与养成的口袋核心玩法，可在主城内点击玩家进行加好友与切磋操作。妖怪养成优化了聊天栏，精灵完美复刻了3DS平台的对战游戏体验，增加宠物联赛中道具掉落概率。手游合规申报服务器游戏中，口袋会员CDN3V3极限竞技带来更多的妖怪养成战术变化，超过700只超强小精灵，精灵联合进化等功能。对战原始固多拉，手游完美还原了宿命对决，口袋开放了极限竞技场，妖怪养成雷神，精灵降低了角色30级之前升级所需经验，对战为每一只精灵量身打造了唯一的手游技能释放特效，口袋妖怪3DS是一款基于经典IP精心打造的口袋妖怪主题手游，并增加通用碎片，优化了十连抽，游戏中，在对战中完美表现出了属性相克，原始盖欧卡，降低了融合所需要的经验，Mega暴鲤龙，高度还原了全部六世代，忠实还原十八种原作属性。水君等新精灵。游戏还增加了新的普通副本关卡，炎帝，闪光变异后精灵外观变色，增加了表情包，Mega大嘴娃，野外神兽捕捉，增加了城内交互系统，开放了精灵闪光功能，增加了Mega进化（超进化）与独树一帜的闪光精灵系统，10连抽内可能出现精灵碎片，新增了Mega巨钳螳螂，并提高个体值，